Hece uyumu çağdaş dillerde de korunmaktadır. Bu uyumda aynı gruptan ince veya kalın ünlü ve ünsüzler birbirlerine uymaktadır: al (a + l ) – al; el, il (e + l2, i + l2) – halk. Rusçadan geçen kelimeler sonucunda incelemekte olduğumuz ve bazı başka dillerde bu uyuma aykırı heceler ortaya çıkmıştır: nol – sıfır, rul – direksiyon (Kıg. , Tuva. , Hak. , Alt.) veya sol – tuz (Kırg. , Tuva. nota – nota). 
Komşu hecelerin birbirlerine uygunlukları anıtların dili için tipik bir özelliktir. Bu olay çağdaş dillerdeki birçok kelimede korunmaktadır. İki veya ikiden fazla heceli bir kelime ya kalın ya da ince heceleri içerir: 
Yenis. tamga = Tuva. , Hak. , Şor. , Alt. tañma = Kırg. tamga – damga, mühür, işaret, harf;
Yenis. kelin = Tuva. kelin, xelin = Hak. kilín = Kırg. , Şor. , Alt. kelin – gelin. 
Eğer “narsügür – hizmetçi” kelimesinin okunuşu doğru ise hece uyumunun yitirilme sürecinin Yenisey döneminde başladığını fakat bu sürecin uzun sürdüğünü söyleyebiliriz. 
Orta Çağ döneminde – belki de XVIII – XIX. yüzyıllarda – Kırgız diline ince ve kalın hecelerin bir arada bulunduğu Arapça-Farsça kelimeler girmiştir. Örn: adabiyat – edebiyat, aşkere – âşikar, beçaara – çaresiz. 
Aynı zamanda yeni kelimelerin türetilme sürecinde bir kelimeye çeşitli türden kökler eklenebiliyordu (ince ve kalın): “kantip” (kanı etip) – nasıl, “Akılbek” (özel isim) vb. Hece uyumunun yitirilme süreci sadece Kırgız dilinde değil başka dillerde de görülmektedir. (özellikle özel isimlerde Hak. Aytes, Saburey, Abdek; Alt. Sanariy, Maken vb.) 
İnce ve kalın hecelerin bir arada bulunduğu birçok Rusça kelime bu dillere girdi. Önceleri bu tür kelimeler fonetik değişimlere uğruyordu. Zamanla Ruslarla konuşma sürecinde bu kelimelerin boğumlanması hece uyumuna aykırı olarak benimsendi: peçat – mühür (önceleri Kırg. beçet), kırovat – yatak (önceleri Kırg. kerebet) vb. 
Komşu hecelerde ünlülerin dudaksıllaşması olayına anıtların dilindeki bazı kelimelerde rastlanmıştır. Bunların genelinde ikinci hecedeki dar ünlünün dudaksıllaşmadığı birçok örnek de bulunmuştur: 
Ü Ç N2 = üçin (3) – isim ve Ü Ç Ü N2 = üçün (13) – için; B U Ñ S I Z = buñsız (26) – üzüntüsüz ve B U Ñ U M = buñum (46) – üzüntüm, fakat B2 Ü R2 I = börü – kurt vb. Yenisey döneminde iki ağız grubunun bulunduğunu söyleyebiliriz. Birincisinde dudaksıllaşma faaliyette idiyse de ikincisine bu olay yansımadı ya da sadece bazı kelimelerle sınırlı kaldı. Bu da ağız özelliklerine bağlı olarak incelediğimiz işaretlerin düzensizliğinin artmasına sebep olmuştur. Ünlülerin dudaksıllaşmaları daha çok Tuva’daki 6, 9, 10, 20, 28, 45, 46 numaralı metinlerde karşımıza çıkmaktadır (Abakan havzasındaki 28 numaralı Altın-Kel anıtı dışında). Bununla birlikte Tuva’da dudaksıllaşma olayının görülmediği çok sayıda anıt vardır. 
Metinlere göre geniş ünlüler Yenisey döneminde komşu hecelerde dudaksıllaşmazdı (dudaksılardan sonra): otag – barınak, ocak; üze – üst. 
Eski Yenisey dudaksıllaşma kuralları Hakas ve Şor dillerinde daha çok korunmuştur. Hakas dilinde sadece dar ünlüler kök durumundaki kelimelerde dudaksıllaşır, eklerde ise değişmez: 
Yenis. kümüş = Hak. kümüs = Şor. kümüş – gümüş;
Yenis. buluñ = Hak. , Şor. puluñ – köşe, ana yön, Fakat Hak. kümüzí; Şor. kümüci – onun gümüşü, puluñı – onun köşesi. 
Bu dilleri, dar ünlülerin eklerde dudaksıllaşmasının gösterilmediği eski Yenisey ağızlarının doğrudan devamı olarak gösterebiliriz. 
Tuva dilinde dar ünlülerin dudaksıllaşma süreci daha ileri gitmiştir. Bu dilde eklerde yer alan dar ünlüler önce kapalı, sonra açık hecelerde dudaksıllaşır: nom + ım = nomum – kitabım, xöl + ı = xölü – onun gölü vb. (Fakat nomnar – kitaplar, xölder – göller). 
Altay dilinde dar ünlülerin dudaksıllaşmasının devamında geniş “a” ve “e” ünlüleri “o” ve “ö” ünlülerinden sonra dudaksıllaşmaya başlamıştır: tur + dı = turdu ve turdı – yaşadı, durdu; bol + ba + gan + lar = bolbogondor – olmayanlar; köl + ga = kölgö – göle (Fakat “u, ü”den sonra “a” ünlüsü değişmemektedir: budak – dal, d‘ürek – yürek). 
Kırgız dilinde bu olayların yanına geniş kısa ünlülerin “ü”den sonra dudaksıllaşması eklenmiştir (Fakat “u”dan sonra değil): cürök – yürek, (fakat butak – dal) 
Galiba Tuva, Altay ve Kırgız dilleri Yenisey döneminde dar ünlülerin dudaksıllaştığı ağız ve dillerin devamı durumundalar. Dolayısıyla bu olayın gerçekleşme tarihini M. S. ilk bin yılın ikinci yarısı olarak gösterebiliriz. Geniş ünlülerin “o, ö” ünlülerinden sonra dudaksıllaşması olayına gelince, bu olay Altay ve Kırgız dillerinde ortaya çıkmıştır (XIII-XIV. yüzyıllardan önce bu dillerin taşıyıcıları bir araya geldiklerinde). “a” ünlüsünün “ü” ünlüsünden sonra dudaksıllaşması XIII. yüzyılda Kırgızların Tyan-Şan bölgesine gitmelerinden ve Altaylılardan ayrılmalarından sonra ortaya çıkmıştır. 
Ünlülerin düşme izlerini anıtların dilinde tek olan örneklerde bulabiliriz: ogul – oğul ve oglı, oglu – onun oğlu vb. Bu olay incelemekte olduğumuz çağdaş dillerde daha çok görülmektedir: Kırg. erin = Hak. irín – dudak; Kırg. murun = Hak. purun – burun ve erdi, irní – onun dudağı; murdu, purnı – onun burnu vb. 
Köklerde bulunan tonsuz ünsüzlerin eklerdeki ünlülerle yan yana geldiğinde tonlulaşması anıtlardaki kelimelerde doğrudan yansıtılmamıştır. Çağdaş dillerde ise bu olay geniş bir şekilde yansıtılmıştır:
Yenis. at + ım = atım – 1) benim ismim 2) benim atım = Tuva. , Hak. , Şor. , Alt. adım (Kırg. atım);
Yenis. taş + ım = taşım – taşım= Tuva. dajım = Şor. tajım = Alt. tajım (Hak. tazım, Kırg. taşım); 
Yenis. yüki = yükü – onun yükü = Kırg. cügü = Hak. çügü = Şor. çügi = Alt. d‘ügi, d‘ügü (Tuva. şanak + ı = şanagı, şanaa – onun kızağı)

Tablo: İki ünlü arasında ünsüzlerin değişimi
Ünsüzler Diller
 Yenis. Tuva. Kırg. Hak. Şor. Alt. 
t t d t d d d
ş ş j ş (z) j j
p p v b b b b
s s z s z z z
k k (g) g g g g
Yenis. kap + ug = kapug – kale; Hak. xabıl- – yakalanmak; Alt. kabu – ağ; Şor. kap + ı = kabı – onun kabı (Tuva. tıp + ar = tıvar- – bulmak); 
Yenis. bas + ar = basar – sıkı = Tuva. bazar- – basmak, ezmek; Hak. paaz = Alt. bazar (Kırg. basar) – sıkı. 
Yenisey grubunun incelemekte olduğumuz çağdaş beş dilinde ilk olarak “p” ve “k” fonemleri tonlulaşmıştır. Bu olay galiba incelenen dillerin taşıyıcılarının atalarının birbirleriyle konuştukları dönemde gerçekleşmeye başladı. Kronolojik şahıslara göre değerlendirildiğinde bu, Kırgızların Tyan-Şan bölgesine yerleşmelerinden önceki dönemde ortaya çıkmıştır. Çünkü bu olay Kırgız dilinde ve Yenisey ile Altay’da kalan halkların dillerinde de mevcuttur. 
İkinci olarak, “ş > j”, “t > d” tonlulaşma olayları (Kırgız dilinde gösterilmeyen) Kırgızların Tyan-Şan’a gitmelerinden sonra, yani XIII. yüzyıldan sonra veya bu zamana yakın bir dönemde gelişmeye başlamıştır. 
Kırgız ağızlarının bazılarında izleri net bir şekilde görülebilen “s > z” tonlulaşması Yenisey döneminde yani XIII. yüzyıldan önce başlamıştır. 
Yenisey döneminden sonra Hakas dilinde “k > x” değişimi ortaya çıktığı zaman beraberinde yeni bir olay “x > g” değişimi ortaya çıkmıştı: azax + ı = azagı – onun ayağı 
Anıtların dilinde yer alan kelimelerin sonunda “b, g, d, z” gibi gürültülü tonlular geniş bir şekilde yayılmış durumda idi. 
Kelime sonunda bulunan “b” Kırgız, Tuva, Şor ve Altay dillerinde ve kısmen de Hakas dilinde tonsuzlaşmıştır: 
Yenis. tab- = tip- = Kırg. , Hak. , Şor. , Alt. tap- – bulmak;
Yenis. çab = Şor. şap – şöhret;
Yenis. sab – kelime = Hak. sap – haber. 
Bazı durumlarda Hakas dilinde kelime sonundaki eski “b” korunmaktadır: 
Yenis. eb – ev = Hak. ib – çadır vb. 
Yenisey grubunun çağdaş dillerinde “d” kelime sonunda tonsuzlaşmış veya değişmiştir: Yenis. ıd- – göndermek, çıkarmak = Tuva. ıt- = Kırg. , Alt. iy- = Hak. , Şor. ıs-. 
Kelime sonunda bulunan “z” Kırgız ağızlarının bazılarında korunmuş, bazılarında ise tonsuzlaşmıştır:
Yenis. biz = Kırg. biz ve bis = Tuva. , Alt. pis = Hak. pís – biz;
Yenis. kız = Kırg. kız ve kıs = Tuva. , Şor. , Alt. kıs = Hak. hıs - kız;
Yenis. uz = Kırg. uz = diğerlerinde us – uzman, usta. 
Kelime sonunda bulunan eski “g” Tuva, Şor dillerinde ve kısmen Hakas dilinde korunmuş, Kırgız ve Altay dillerinde ise ünlünün uzunlaşması dolayısıyla ya yitirilmiş ya da tonsuzlaşmıştır. Hakas ve Şor dillerindeki bazı kelimelerde tonsuzlaşmıştır (veya g > k > x ):
Yenis. katıg = Tuva. Şor. kadıg = Hak. xatıg = Kırg. katuu = Alt. katu – sert;
Yenis. tirig = Tuva. , Şor. dirig , tirik = Hak. tírig = Kırg. tirüü = Alt. tirü – canlı;
Yenis. külüg – zekalı = Tuva. xülüg – mert = Hak. , Şor. , Alt. külük – zeka;
Yenis. teg-, tig- = Tuva. tig- = Kırg. tik- = Hak. tík- = Şor. tik- - koymak, dikmek;
Yenis. teg- – dokunmak = Tuva. deg- = Kırg. , Alt. tig- = Hak. tig- = Şor. teg-;
Yenis. otag – barınak, ocak = Hak. otax – alacık . 
XIX.–XX. yüzyıllarda, incelenen dillere kelime sonunda grafiksel olarak gösterilen “b, d, g, z” fonemli birçok Rusça kelime girmiştir (Rusçada bu fonemler tonsuz olarak boğumlanmaktadır): ştab – kurmay, parad – geçit, utyug – ütü, kolxoz – kolhoz. Bazen grafiğin de etkisiyle böyle kelimelerin sonunda ünsüzlerin tonlu boğumlanış şekli de benimsenmiştir. 
Anıtların dilinde eklerde yer alan “l” sağlam bir şekilde korunmuştur (taşlar –taşlar vb.). Yenisey grubunun çağdaş dillerinde esaslı değişmeler olmuştur. Bu dillerdeki eklerde yer alan “l” ve “n” tonlu fonemlerden sonra “d” fonemi yerine geçmiş, “l” ise genizsilerden sonra “n”nin yerine, tonsuzlardan sonra ise “t”nin yerine geçmiştir (bazı dillerde):

Tuva. l > d > t > n n > d > t
Kırg l > d > t n > d > t
Hak. l > t > n n > t
Şor. l > t > n n > d > t
Alt. l > d > t n > d > t

Örnekleri kelime türetme bölümündedir (çoğul ve hâl kategorisi). 
Anıtların dilinde çoğu zaman tonlular ve tonsuz sessizler hece ayrımında birbirlerine uymaktadır: mk, lt, nt, vb. (elimke – halkıma, adırıltı – ayrıldı, bunta – burada) fakat o zamanlar bile edkü ve edgü – iyi yürekli, tamka ve tamga – harf, damga gibi şekiller görülürdü. 
Çağdaş eklerin birbirlerine uymalarında tonlu veya tonsuz özelliklerine göre benzeşme olayı baskın durumdadır. Tonlulardan sonra tonlu gelmektedir: ayılga, aalga – köye (ayılka, aalka değil), ayılda, aalda – köyde (ayılta, aalta değil). Aynı zamanda Yenisey grubunun çağdaş dillerinde –başka dillerde olduğu gibi- Yenisey dönemi sonrasında ünsüzlerin konulma alanında, özellikle “n” fonemi yanında “b” foneminin genizsileşmesi (Şor. alganbıs ve alganmıs- biz aldık) ve aksine “n” foneminin dudaksıl “m” fonemine dönüşmesi gibi süreçler benimsenerek gelişmiş ve güçlenmiştir (Kırg. ün + bı = ümbü? – ses mi?). Bu, tanımları verilen bilginin sınırlarını aşan, başka dillerin fonetik özelliklerine ait bir durumdur.